Капитолийските музеи са основани през 1471 година, когато папа Сикст ІV дарява на народа на Рим колекция от бронзови статуи с голяма символична стойност, които преди това са се помещавали в Латеранския дворец (Вълчицата, Спинариус, Камилус и грандиозната глава на Константин с ръка и глобус). Колекциите са тясно свързани с Рим и повечето са от самия град.
Връщането на някои следи от миналото величие на Рим, става още по-важно с разполагането им на Капитолийския хълм, център на древния римски религиозен живот и седалище на градския архив от Средновековието нататък, след период на дълъг упадък.
Първоначално скулптурите са поставени на фасадата и в двора на Палацо деи Консерватори. Впоследствие колекцията се обогатява с находки, открити при разкопки в града, повечето от тях тясно свързани с историята на Древен Рим.

В средата на XVI век няколко важни скулптури са изложени на Капитолийския хълм (позлатена бронзова статуя на Херкулес от Форум Боариум; мраморни фрагменти от статуята на император Константин от Базиликата на Максенций и Константин; три барелефа, представляващи сцени от живота на Марк Аврелий; небезисвестния Капитолийски Брут – бюст на Луций Юнит Брут – първият консул на Римската република, след падането на последния етруски цар; безценни надписи, сред които известния празничен календар Фасти Капитолини, открит при разкопки на Римския Форум).
Двете колосални статуи на Тибър и Нил, които понастоящем се намират пред Палацо Сенаторио, са преместени по същото време в Палацо дел Куиринале, а статуята на Марк Аврелий е преместена от Латеранския дворец през 1538 г, по нареждане на папа Павел ІІІ.

Създаване на картинната галерия или Пинакотеката на Капитолийските музеи
Цялостният облик на колекцията се променя през втората половина на ХVІ век, когато музеят се сдобива със скулптури от особено значение благодарение на решението на папа Пий V да прочисти Ватикана от „езическите” изображения: впечатляващи произведения на изкуството, които обогатяват колекциите и добавят естетически аспект към преобладаващата дотогава историческа насоченост.
От 1654 г. нататък, с построяването от другата страна на площада на Палацо Нуово, става възможно преместването на голяма част от колекцията, която дотогава се помещава в Палацо деи Консеватори. Капитолийският музей обаче е отворен за посетители едва през следващия век, при папа Климент ХІІ, след придобиването на нова колекция от статуи и портрети на Кардинал Албани. Папа Климент освещава музея през 1734 година.
Няколко десетилетия по-късно, в средата на ХVІІІ век, папа Бенедикт ХІV (благодарение на който се добавят фрагменти от епохата на Северус, най-големият мраморен план на градските улици в древен Рим) основава Капитолийската художествена галерия, в която има две важни колекции – Сачети и Пио.
Пинакотеката (художествената галерия) притежава творби на художници като Веласкес, Тициан, Ван Дайк, Гуидо Рени, Караваджо.

Трансформации през XIX век
До края на XIX век колекцията се обогатява значително в резултат на обявяването на Рим за столица на новообединена Италия, както и от последвалите разкопки при изграждането на нови квартали.
За да поберат голямото количество находки, се откриват нови изложбени зали в Палацо деи Консерватори, както и собствената складова база на кметството на хълма Целий, известен като Антиквариата. Една част от скулптурите се съхраняват в осмоъгълния павилион, известен като Осмоъгълната зала, специално построен във вътрешната градина на първия етаж на Палацо деи Консерватори.
В този период, както и в предишните, се правят значителен брой дарения, благодарение щедростта на частни колекционери. Трябва да се споменат колекцията Кастелани от древна керамика и колекцията от порцелан Чини.
Колекцията от монети и медали в Капитолия е събрана по същото време от частни колекционери и в резултат на археологическите разкопки в града.

XX век
Колекциите са преаранжирани от Рудолфо Ланчани в началото на ХХ век и са последвани от още по-драстична промяна през 1925 г, когато музеят Мусолини (понастоящем Музей Нуово), се установява в новия Палацо Кафарели. Там се преместват и експонатите от Антиквариата.
През 1952 година се добавят нови изложбени зали, известни като Брачо Нуово (Новото крило) в Палацо деи Консерватори.
През 1957 година в Капитолийския музей е открита Галерията на кръстопът, по случай Третия международен конгрес по гръцка и латинска епиграфика. Построена през 1939-41 година, за да свърже двете сгради на Капитолина, в нея са изложени 1400 древни латински и гръцки надписи, повечето преместени от залите на Антиквариата.
В една от парадните зали на Капитолийските музеи през 1957 г е подписан Римския договор, който поставя началото на Европейския съюз.
Когато сте в Рим, не подценявайте Капитолийските музеи за сметка на Ватиканските, отделете време, за да отдадете заслуженото на тяхната грандиозна колекция, помещаваща се в три двореца на пл. „Кампидольо“, на върха на Капитолийския хълм, след като изкачите легендарната стълба на Микеланджело.
